кто нибудь в филиалах брал деньги из фсс? или это может делать только главный офис?

я Вам уже отвечала по этому поводу!
деньги можно взять только в том городе, где они платятся!
это не обязательно главный офис.вот, например, куда у Вас сдаются больничные?

да мы зарегестрированы по месту нахождения филиала. т.есть процедура та же самая что и для юр.лица?

угу.тогда у Вас вообще без проблем.собственно, по всем предыдущим вопросам - так же.работайте, как с обособленой конторой
ну за исключением моментов регистрации всяких там ОПО, техники и т.п.