Что такое регистрационный номер протокола в журнале регистрации протоколов? (В самом протоколе есть (идентификационный номер протокола). Ведете ли вы этот журнал согласно инструкции делопроизводства или можно ограничиться электронной версией?

Откуда требование про журнал - там и ответ. Причем у каждой лаборатории - свой. Например в ИСО МЭК 17025 есть требование к номерам протоколов - не должны повторятся.