Нумерация инструкций должна быть поочередная? Допустим с 1-ой по 20-ю? А если я посчитаю нужным убрать какую-нибудь инстр-ю, то нумерация сбивается. Например, предыдущий ИОТ разработал лишнюю инстр-ю или это т вид работ уже не выполняется нашей организацией. Это имеет какое-то значение?

Нумеруйте по Перечню ИОТ. Освободившиеся номера используйте в дальнейшем, когда до них номера будут заняты.
Из-за выпадания номера ИОТ не стоит перенумеровывать - это только собъёт непосредственных руководителей. Да и бумаги и времени будет потрачено бесцельно.

Т.е. представляю такую ситуацию. Были 20 инструкций, их нумерация была с 1 до 20. И вдруг необходимость в инструкции № 13 отпала. Приказом отменяете его действие, исключаете из списка действующих. Не надо под тем же номером вводить другую инструкцию. Пусть будет прореха, ничего страшного. Может опять возникнет необходимость в ней или в подобной. Опять же путаницы меньше.

с точки зрения основ делопроизводства верно

...если только предприятие в 500 чел. и 1000 инструкций не было реорганизованно в фирму из 5 чел и 1 инструкции № 953 по старой нумерации . Причём, название организации осталось прежним.

Простой пример нумерации ИОТ:
Название ИОТ-ВР-35-07.
ИОТ - понятно.
-ВР - по Видам Работ.
-35 - порядковый номер в году (в пределах 99, кому надо больше - трехзначный).
-07 - год утверждения. Можно и месяц отмечать, если надо, тогда - 03/07.
Если по Специальности, то вместо ВР - С: (ИОТ-С-24-08).
При аннулировании номер просто больше не упоминается, а из Журнала регистрации ИОТ всегда понятно, что это за инструкция была такая.
При переутверждении сохраняю порядковый номер, меняется только год: ИОТ-ВР-35-09. К 35 номеру уже все привыкли и знают, что это для слесаря.

А они так хотели быть 10-м номером ....

Т.е. 35-х может быть две: 1- ВР; 2- С?

Пуркуа бы и не па? Они же все - ИОТ, и вроде, неудивительно?

Пуркуа или ещё каким образом, тоьлко, выходит, 35-я ИОТ для слесаря и 35-я ИОТ для механо-сборочных работ, к примеру.
Тогда, слесари будут счастливы избавлению от одной из ИОТ под № 35.

Но это чисто внутренний вопрос удобства...