Подскажите, пожалуйста, если работник предприятия будет во внеурочное время работать по договору подряда как физическое лицо, кто за ТБ будет отвечать? И ещё....если он всё таки не по договору подряда, а в сверхурочное время как наш сотрудник, тогда наряда допуска достаточно?

Сверхурочку заменить работой по ГД? Прямое ущимление прав работника.

О каких работах речь?
Каков их объём?
Почему в ночное время?

По договору подряда физ. лицо обязано выполнить определённый объём работ за определённый срок (например: с 28.10.2011 по 28.11.2011), а когда ему работать: днём или ночью подрядчик решает самостоятельно.
Выложите здесь то, что вы называете договор подряда с физ. лицом.