Подскажите обязательно ли делать протокол проверки знаний по охране труда, ведь когда они сдают электробезопасность там ставятся оценки отдельно за охрану труда, за пожарную безопасность. Может не обязательно отдельные протоколы?

Если я правильно понял, Ваша контора не относится к потребителям электроэнергии. Вы - продавцы (или поставщики). Тогда да, в протоколах есть такие оценки. Но они относятся только к работам в ЭУ. А электромонтер не ограничен работой только в ЭУ. Он должен соблюдать общие требования ОТ. Следовательно и проверка по ОТ должна проходить отдельно.