5 лет назад были разработаны инструкции по ОТ допустим №№ 1-80. Подошел срок пересмотра, нумерацию начинаю с начала. Но допустим после пересмотренной инструкции № 5 разрабатываем 3 новые, соответственно № 6, 7 и 8. А срок пересмотра инструкций № 6,7,8 пятилетней давности еще не подошел, и получается на сегодняшний день:
№ 6, 7, 8 от 2010 г и № 6, 7, 8 от 2015 г.
как быть с наложением дат? со стороны гит могут быть претензии?

У нас инструкция с истекшим сроком действия отменяется приказом, взамен неё вводится новая с тем же номером, тоже приказом. Нумерация состоит из номера инструкции по порядку и кода подразделения-разработчика. Например, инструкция по ОТ для электромонтёра, разработчик - начальник энергоцеха. Номер инструкции будет №01-ЭЦ.

Мне 2 года ( тогда мы реорганизовывались)назад дали совет, которому я последовала - для инструкций по охране труда по профессии выбрать шифр ИОТП - 00-00-2013, где первый две цифры номер производственного подразделения, вторые две цифры номер инструкции и последние четыре цифры год утверждения. По инструкция по охране труда по видам работ - ИОТВР - 00-00-2013. У общих инструкций первые цифры - 00, а дальше идут номера подразделений - участок ремонта оборудования - 01, отдел энергетика - 02 и т.д., по каждому участку свой набор инструкций и по профессиям и по видам работ.Таким образом нумерация получается не сквозная, а у каждого вида инструкции по каждому участку свой номер. Если инструкция участка по ремонту оборудования перерабатывается (например за номером ИОТП 01-01-2013) в 2014 году, ей присваивается номер ИОТП 01-01-2014, а если возникла необходимость разработать новую инструкцию, то ей присваивается новый номер с учетом года разработки - ИОТП 01-02-2014.

Если вводите в действие новые ИОТ присвойте им нумерацию, которая будет идти после последней зарегистрированной ИОТ (в Вашем случае 81, 82, 83). Вводить новые ИОТ следует приказом. Если некоторые ИОТ будут отменяться, то сделайте как у Джули-Я. Не забудьте внести изменения в Перечень ИОТ.

Треп, Джули-Я, понятно, что новые ИОТ и с истекшим сроком вводятся и отменяются приказом.
Если в журнале регистрации инструкций последняя запись была ИОТ № 80, а потом идут пересмотренные №№ 1-5, то наверно будет странно, если после ИОТ № 5 я напишу ИОТ № 81.
А на сегодняшний момент получается, допустим, есть ИОТ № 5 от 10.02.15 и ИОТ № 5 от 10.03.2010

Почему странно? Напротив отменённой можно написать "отменена приказом №... Взамен введена ИОТ №81 приказ №..."
Но вообще, на мой взгляд, журнал регистрации ИОТ это вообще лишнее. Достаточно просто перечня действующих ИОТ.

Ничего в этом странного нет. ИОТ могут пересматриваться досрочно, а также вводиться новые. Поэтому на дату пересмотра ИОТ и на дату введения ИОТ при их регистрации в журнале, не обращайте внимание. А вот когда у Вас появляются 2 и более ИОТ под одним номером, это действительно странно.