есть графа журнале первичного инструктажа по охране труда вид инструктажа, так где писать номера инструкции или номер программы инструктажа??

Если форма вашего журнала соответствует форме, рекомендуемой ГОСТ 12.0.004-90, то номер программы инструктажа писать не надо (подобной графы не предусмотрено)

не будет ли проблем с госинспектором ? ведь ни номера инструкции ни номера програмы в журнале не будет

Проблемы будут, если программы инструктажа нет.
Если хотите, доработайте форму журнала и добавьте графу "Краткое содержание инструктажа или номер и наименование программы." Но смысла не вижу.