Имеется два отдела - складская логистика и транспортная логистика, в каждом отделе по 3 человека включая начальников отдела... Надо журнал инструктажа на рабочем месте для каждого отдела отдельный заводить или все в одном журнале могут расписывать - каждый руководитель своих подчиненных???
...сразу хочу сказать - выдал один журнал "на двоих", но во время аудита сказали что это не правильно. Хотелось бы услышать мнение специалистов.

А на что они сослались? В каком документе говорится, что журнал должен быть в каждом подразделении?
Я лично такого нигде не встречал

Вот и я нигде не встречал.. а сослались они на: "п.2.1.3 Постановления 1/29 от 13.01.2003г. и ГОСТ 12.0.004-90"... в общем на то что должны быть журналы... ну они по факту есть, но то чтобы в каждом подразделении свой журнал был, как мне написали - я такого нигде не встречал....

Так и отвечайте в своем письме: указанные пункты содержат требования о регистрации инструктажа в журнале, которые выполняются. Требований о наличии отдельных журналов для каждого подразделения указанные пункты не содержат.

эх... который раз убеждаюсь - непутевых я аудиторов нашел...

вот бы мне так - работаешь инженером по ОТ, а аудиты проводит сторонняя организация за бабло.