на предприятии рботает столовая. рабочее время - 12 часов. в смене работает около 70 человек.
раньше столовая "кормила" рабочих 2 раза (2 обеда по 30 мин) + в 10-минутные перерывы можно попить чай с булочкой и т.к. производство работает без остановок и помещение столовой не позволяет усадить всех и сразу, то все ходят кушать по-очереди. установленного обеденного перерыва нет, ходят по возможности.
сейчас руководство запретило второй обед, т.к. посчитали, что рабочие только и делают, что ходят в столовую.
есть ли какой-нибудь документ, который регламентирует такие моменты?

Такой документ есть, это ПВТР Вашей конторы, там указано, когда работник может отдохнуть и покушать. А вот где он будет это делать, это сугубо его личный выбор, хочет может у Вас в столовой, хочет может за территорией покушать, так что вот так.

2 обеда по 30 минут, это как? Если Вы говорите, что все ходят по очереди, то почему бы не сделать один полноценный обед на 1 час (с 12 до 13, например), и толпу разделить хотя бы напополам (с 12 до 12,30 и с 12,30 до 13 часов). Перерывы в 10 минут (или как их ласково называют "технологические перерывы"), это конечно, только вносит разброд и шатание в ряды рабочих, в 10 минут никто не укладывается и в итоге просиживают в столовой по полчаса (в моей организации такая ситуация). Считаю, что столовую на эти 10 минут можно и не открывать, но поскольку дело еще и в заработке столовой, бороться с этими перерывами бесполезно. Пропишите все перерывы четко в Правилах внутреннего трудового распорядка, как говорит Сергей, и будет счастье.