что так много то, что у вас за отходы

большое предприятие... и мусору много в т.ч. и 1-го класса опасности

На а все же? Может указать, что отходы храняться на Вашем большом предприятиии (в специально оборудованных помещениях, либо на площадках)?? Коэффициент в этом случае 0,3!? Дайте хоть какой нить отход на анализ, количество, класс опасности, и Ваш вариант заполнения расчета по этому отходу!!!

Кто-нибудь делал тех. отчет (ежегодный) на подтверждение лимитов?
Поделитесь опытом, какие требования, документы, если не делать будут ли проблемы с платежами за 2 квартал?

По проблемам: Если посмотреть внимательно на первый (титульный) лист лимита, то можно увидеть такую фразу: Лимит на размещение отходов установлен сроком на _____ (обычно 5 лет) при условии ежегодного подтверждения неизменности производственного процесса и ииспользуемого сырья. Эта фраза означает, что если через год с даты выдачи лимита Вы не сдадите техотчет, то лимит Ваш становится недействительным. РТН высылает Вам письмо с информацией об этом и с даты, указанной в письме Вы начинаете платить в 5 раз больше налога.

По составлению отчета: посмотрите Методические указания по разработке проектов нормативов образования отходов и лимитов на их размещение (Приказ РТН №703 от 19.10.2007) - там все нужные Вам формы и разъяснения. И не стесняйтесь пообщаться со специалистами РТН Вашего региона, они Вам все расскажут, покажут, да еще и формы дадут!

Серьёзно? Если лимиты выданы 01.07.09 и действют до 30.06.10, то как можно говорить о неизменности техпроцесса и просить продления лимитов с 01.07.2010 если отчёт содержит сведения только до 31.12.09? Включать надо все данные от 01.07.09 до 30.06.10.

в 5 раз больше платить за месячные платежи или квартальный платеж за негативное воздействие?

Отчетным периодом считается квартал. Т.е. отчет Вы будете подавать за предшествующий квартал, а как Вы там просчитаете - это Ваше дело.
У нас отходов немало - если бы я оказалась на Вашем месте, то просчитала бы до последнего дня. Доказательством может быть журнал вывоза отходов, справки со свалок и проч.