Какова длительность хранения архива расчетов НВОС по законодательству? В нашей организации оригиналы расчетов хранятся в бухгалтерии, копии у инженера по экологии.

5 лет.
Приказ Минкультуры РФ от 25.08.2010 N 558 "Об утверждении "Перечня типовых управленческих архивных документов, образующихся в процессе деятельности государственных органов, органов местного самоуправления и организаций, с указанием сроков хранения"
(Зарегистрировано в Минюсте РФ 08.09.2010 N 18380)
Отдельно расчёта платы за НВОС Вы не найдёте, но под п.412 расчётно-платёжные документы, это оно и есть.

Благодарю!

Но с точки зрения проверок (и налогового законодательства), как я понимаю, смотрят обычно расчеты за 3 года, т.к по истечение этого срока взыскать штраф за неуплату уже нельзя (истечение срока давности).
И если предприятие вообще не платило за негативку, заставляют заплатить за последние 3 года.

Срок давности привлечения к адм. ответственности за нарушения законодательства в области охраны окружающей среды и природопользования - 1 год.
Статья 4.5. КоАП.

Только что проверку пережили, доки за 3 года поднимали.

Взаимно, выписали предписание: Лицам, допущенным к обращению с отходами I-IV класса опасности пройти профессиональную подготовку, подтверждённую свидетельством на право работы с отходами I-IV класса опасности. Не смогли доказать, что есть 12 удостоверений и их достаточно.

Проверить они имеют право и проверяют, а вот оштрафовать за нарушения 3-х летней давности нет.

А что нужно было доказывать? Есть приказ по ответственным, у каждого из ответственных есть свидетельство. 12 человек - 12 удостоверений.
К чему они придрались?

Что по факту главный механик отвечает за сбор покрышек, отработанных аккумуляторов так далие... а не лицо, на которое приказом возложена ответственность.

Так ведь они правы. Неувязочка у вас вышла. Пусть бы механик собирал, а ответственный расписывался.