Добрый день!
При составлении контингента вносим в него все факторы с 3-м классом или даже если класс 2, все равно вносим?
у нас все работники аттестованы с классом 2

Кто-нибудь чего-нибудь понял?
Причем тут классы?
В перечень контингентов, подлежащих медицинским осмотрам вносятся профессии работников:
1) подвергающиеся в процессе своей работы воздействию вредных факторов, указанных в Перечне вредных и (или) опасных производственных факторов (приложение N 1 к Приказу № 302н)
2) или выполняющие работы, указанные в Перечне работ (приложение N 2 к Приказу № 302н)

В этом приложении 1 во 2-й колонке есть ссылка <2> "В перечне вредных факторов перечислены факторы, которые по уровню своего воздействия отнесены к вредным и (или) опасным классам, в соответствии с действующими нормативными правовыми актами".
Когда спец-ты по АРМ делали аттестацию, сказали, что не могут внести пункты по медосмотрам (например, вибрацию, ЭМП пром.частоты), т.к. по ним получился допустимый класс.
Сейчас РПН спрашивает почему мы не включили гельминтов сантехникам, химию водителям и ЭМП рабочим.

Возник вопрос, отталкиваться от 3-го класса или все же достаточно наличие вредного фактора на РМ?

РПН не имеет права это спрашивать. Ваше дело направить им контингент, а их дело принять.

а где это написано?

Приказ №302н.
21. Список контингента, разработанный и утвержденный работодателем, в 10-дневный срок направляется в территориальный орган федерального органа исполнительной власти, уполномоченного на осуществление федерального государственного санитарно-эпидемиологического надзора по фактическому месту нахождения работодателя.