На нашем предприятии планируется реконструкция одного из производственных зданий подрядной организацией (замена кровли и усиление несущих конструкций), причем производственная деятельность в цехе при производстве работ прекращаться не будет (будут лишь высвобождаться участки).
Дабы снять с руководства нашей организации всю ответственность главный инженер «простит» составить акт разграничения ответственности, по которому мы лишь допускаем подрядчиков на свою территорию, а на прочее закрываем глаза. Они в свою очередь без контроля с нашей стороны якобы применяют исправные технические средства (ГПМ и пр), используют квалифицированную рабочую силу и несут полную ответственность за все возможные негативные последствия их деятельности.
Вопрос: не противоречит ли подобный документ действующему законодательству? Есть ли документ, регламентирующий подобный род взаимоотношений?

Не противоречит.
Вы можте воспользоваться СНиП 12-03-2001 "Безопасность труда в строительстве" (утв. Постановлением № 80 от 23.07.01 г.) или, если есть, своим ведомственным документом (например, в металлургии - это Положение о применении нарядов-допусков при производстве работ повышенной опасности на предприятиях и в организациях министерства металлургии СССР - действует).
Выделяете конкретное рабочее место для выполнения работ силами сторонней организации, по Акту передаете им это место (форма Акта есть в указанном СНиПе). При заключении договора не забудьте указать тот момент, что для производства работ выделяется рабочее место, которое сдается по акту и ответственность за безопасные условия труда работников сторонней организции на период проведения работ в действующем производстве (указываете название предприятия) возлагаются на (указываете должностное лицо сторонней организации).
Для обеспечения безопасности собственных работников выпускаете распоряжение по цеху (производству), где будут проводиться работы силами сторонней организации о том, что эти работы проводятся на выгороженной территории и работникам предприятия там делать нечего, указываете время начала и окончания работ и назначаете своего ответственного, который бы проверял место проведения работ (особенно огневых) и следил за тем, чтобы работники сторонней организации вовремя уходили с предприятия после завершения смены. (Такая практика наработана годами и (тьфу-тьфу) пока все нормально.