Подскажите, пожалуйста, журнал производственного контроля и журнал 3-х ступенчатого контроля - это разные вещи?

А, вы в них загляните и увидите разницу.

А по-конкретней можно?

журнал производственного контроля применяется при контроле ОПО;
журнал 3-х ступенчатого контроля - при контроле ОТ.
Если коротко, то примерно так.

Т.е., если я правильно поняла: если у нас в организации есть ОПО, то нам надо вести 2 журнала (журнал производственного контроля и журнал 3-х ступенчатого контроля). Так? Но они во многом друг друга дублируют, что ли.

Можете 2 вести, можете, вообще, ни один не вести! Всё зависит от того, что у Вас в положение о ПК и СУОТ предусмотрено.